mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGCATGCCCCAGGAGCTGCA GAGCTGCTGGGTCATGGATCC GTTGTGGACGTTGAGCTCCTTTCGGTCCAAAAAGGGGTGTTGCTGTGGGTCGATTGAGCTGCTGGGTCATGGATCCCGTTAGCCTACTCCATGTTCATCATTCAGCTCGAGATCTGAAAGAAACTACTCCAATTTATACTAATAGTATGTGTGTAGATAGGAAAATGATGGAGTACTCGTTGTTGGGATAGGCTTATGGCTTGCATGCCCCAGGAGCTGCATCAACCCTACATGGACCCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCTTTTGT 6 0 3' arm Oryza_sativa mirbase MIR159 7e-153 osa-MIR159a 4e-154 -114.7 .....(((.((.((((((((((((((((((..(((((.(((..(((((((.(((..((((.(((((.((((.(..((((.((((((..(((..((((((((((((........))))..........(((.((((((((...........)))))))).)))..))))))))..((.....)))))..)))))).))))..).)))).))))).))))..))).)))).)))..)))))))))))))))))))))))))).)).)))..... (-114.70)