mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTG GAGCTCCTTTCGTTCCAATGA GGTTATGAAGTGGAGCTCCTTTCGTTCCAATGAAAGGTTTATCTGAAGGGTGATACAGCTGCTTGTTCATGGTTCCCACTATTCTATCTCATAGGAAAAGAGATAGGCTTGTGGTTTGCATGACCAAGGAGCCGAATCAACTCCTTGCTGACCACTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCTTGATC 4 0 3' arm Oryza_sativa mirbase MIR159 5e-85 hvu-MIR159a 5e-23 -79.3 (((((.((.(..((((((((((((.(((((.((..((((......(((((((((.(.(((.((((.(((((....((((...((((((((.........))))))))...))))....))))).)))).))).).))).)).))))...))))..)).))))).))))))))))))..).)).))))) (-79.30)