mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTGGATTGAAGGGAGCTCCA GAGCTCCTTTCGATCCAATTC GAGGAGGAAGAGGAGCTCCTTTCGATCCAATTCAGGAGAGGAAGTGGTAGGATGCAGCTGCCGATTCATGGATACCTCTGGAGTGCATGGCAGCAATGCTGTAGGCCTGCACTTGCATGGGTTTGCATGACCCGGGAGATGAACCCACCATTGTCTTCCTCTATTGATTGGATTGAAGGGAGCTCCACATCTCTCTC 1 0 3' arm Oryza_sativa mirbase MIR159 3e-108 osa-MIR159f 3e-58 -103.1 (((..(((.(.((((((((((((((((((((.(((.((((((((((((.((...((.((.(((..(((((.(.((((.(((((((((.(((.(((....)))..)))))))))).)).)))).).)))))..))).)).))..)).))))....)))))))).))))))))))))))))))))))).).)))..))) (-103.10)