mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGACAATGCTAGAAAGTCTT GACTTTTTAGCATTGTCCCAT ATCATATACTACCTCCGTTTCAAGTTATAAGACTTTTTAGCATTGTCCCATTCATATAGATGTTAATGAATAGACACACACATATGTCTAGATTTATTAACATGTATATGAATGTGGACAATGCTAGAAAGTCTTATAATATGAAACGGAGGAAGTACAAAG TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTAATGGAAGGAAGGAATTGCATTTAAACATCAAATATTTATCTTTCATTTGCATGACATCATGCTGTCTTGTAAAAATGGAAGACCGGCATTAGGGCCTTACAAGTTAAAATTAAAACATTTGTTCGACTTTACAGAAATGGTCTTTGCTTTACAAATATAGTAAAACATACACTATCATATACTACCTCCGTTTCAAGTTATAAGACTTTTTAGCATTGTCCCATTCATATAGATGTTAATGAATAGACACACACATATGTCTAGATTTATTAACATGTATATGAATGTGGACAATGCTAGAAAGTCTTATAATATGAAACGGAGGAAGTACAAAGAAGGGAAACACCACTTTGAGTCTCAACATTCCAGACACCTTAAGTGATTTGCAAGTAAGCTTAATGTGGATGGTGATTTTGCAAAAATAACTGCATAACCATCATCCATGTGCTCTGCTCCTTCAGGGAAAAGCTGCCAAAGAAGGCAACCTCCTCCAATCACTCCTTCCTTCCAAGAACTCAAGAAAATTCTGTAAACTGTCTTCATGAAATCTTCAAGGAATTCATTACCAAACTTCCCGTCCTTAACTGATACCCCCCCCCCTTGTCTCGTCC 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 9e-43 osa-MIR819e 4e-51 -82.7 ......((((.(((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((........))))))..))))))))))).)))))))))).))))))))))))))))))))))))).))))))))))).))))..... (-82.7)