mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAGACTTTTTAGCATTGTCC ACAATGCTAGAAAGTCTTATA TATCATATACTACCTCCGTTTCAAGTTATAAGACTTTTTAGCATTGTCCCATTCATATAGATGTTAATGAATAGACACACACATATGTCTAGATTTATTAACATGTATATGAATGTGGACAATGCTAGAAAGTCTTATAATATGAAACGGAGGAAGTACAAAGA TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTAATGGAAGGAAGGAATTGCATTTAAACATCAAATATTTATCTTTCATTTGCATGACATCATGCTGTCTTGTAAAAATGGAAGACCGGCATTAGGGCCTTACAAGTTAAAATTAAAACATTTGTTCGACTTTACAGAAATGGTCTTTGCTTTACAAATATAGTAAAACATACACTATCATATACTACCTCCGTTTCAAGTTATAAGACTTTTTAGCATTGTCCCATTCATATAGATGTTAATGAATAGACACACACATATGTCTAGATTTATTAACATGTATATGAATGTGGACAATGCTAGAAAGTCTTATAATATGAAACGGAGGAAGTACAAAGAAGGGAAACACCACTTTGAGTCTCAACATTCCAGACACCTTAAGTGATTTGCAAGTAAGCTTAATGTGGATGGTGATTTTGCAAAAATAACTGCATAACCATCATCCATGTGCTCTGCTCCTTCAGGGAAAAGCTGCCAAAGAAGGCAACCTCCTCCAATCACTCCTTCCTTCCAAGAACTCAAGAAAATTCTGTAAACTGTCTTCATGAAATCTTCAAGGAATTCATTACCAAACTTCCCGTCCTTAACTGATACCCCCCCCCCTTGTCTCGTCC 0 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 1e-42 osa-MIR819e 4e-51 -82.7 .......((((.(((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((........))))))..))))))))))).)))))))))).))))))))))))))))))))))))).))))))))))).))))...... (-82.7)