mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTTCCTCCGTTTCATAATG TTGTGAAAAAGAGGGAGTAGC GTCTTATGTAGTACTTCCTCCGTTTCATAATGTAAGTCATTCTTGCATTTCTCACATTCATATTGATTTAATGAATCTAGATAGATATATATGTCTAGATTCATCAACATCAATATGAATGTGGGGAATGCTAGAATGACTTACGTTGTGAAAAAGAGGGAGTAGCAACCAATT GGATGGCCCATCTGATTCTTTCAAGGCCCTTATTGACATGGCAGCGGTTCATTCATCATGTCGTCTTTGCATACATGTCGCGACGAAGATTCATGAGAAAGAGGAAAGGACACCAAAATTTATGAATCGCCCATGTAGTTGTTCAAGCAAAAGAGGAAAGGTATACCACTTGTTTGTCAGAGAAAGAGGGCGGTTCAAGACAGAGAGCATTTTTCTGAGGTCGGACCAATTAACTATGGGTGCTTTGGAGTCTGCTGTGCTTGCTAAATTTAGATCGCTCAATCATGTTCCTGTGTGGAAGGATGAAAGACCACCAAGTATTAGAGGTGGGGACGAGTTGAAGGTATACAAAATTTATCCAATCGGCCTTACACAACGACAGGCATTATACCAGTTCAGATTTAGAGATGACGCAGATCTTGACAAATACATTAAAGATCATCCATGTGCAAAGCTTGAAGTGATTTTTGTATAACTATGCTCTAGACATTTTCTTTTCTTGCGCCTTTCTCTAGTTGAAAATATACAATGTGTAGTTTCTGCTGTACGGTAAGCTAGTCTGCTAGTATGTCTTATGTAGTACTTCCTCCGTTTCATAATGTAAGTCATTCTTGCATTTCTCACATTCATATTGATTTAATGAATCTAGATAGATATATATGTCTAGATTCATCAACATCAATATGAATGTGGGGAATGCTAGAATGACTTACGTTGTGAAAAAGAGGGAGTAGCAACCAATTCATGCTCACACAGATCTATNCACAATCAAAGCNCATCCTTGGTAGGCATTGAGATACATCGATTGTAAATTTTCATCGACGGGCCANAGGTTTTGTTTTTNTCAAAAAA 2 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 1e-51 osa-MIR809d 3e-55 -87.2 ......(((..(((((((((..(((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((........))))))))))))).)).))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))..))))))))))))....... (-87.2)