mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCCC GGAATGTTGTCTGGCTCGAGG GAAGCTTTTTCACTTTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGAGGTGCATGGAGAAACCTCTGATCGATCAGGTTTGATCTGTAGAGACTGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAAGTAAAGCTCC 4 0 3' arm Oryza_sativa mirbase mir-166 2e-52 bdi-MIR166e 4e-16 -55.5 ..((((((...((((.((((((((((..((((((..((((((.((.((((....))))((((((......)))))).........))))))))..))))))..)))))))))))))))))))).. (-55.50)