mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGATCAGGCTTCATTCCTC GGAATGCAGTTTGATCCAAGA AGATAGGTGTTTGGAATGCAGTTTGATCCAAGATCTGCCTATATATATGGTGTGTATATCATATCTTGTGATATGGGGGATATGCAACAGGTGTGTGACAGGGGTAGGTAGATCTCGGATCAGGCTTCATTCCTCACACC 4 0 3' arm Oryza_sativa mirbase mir-166 2e-71 osa-MIR166i 1e-75 -64.61 .....(((((..((((((.((((((((((.((((((((((((((((((.((((((((.(((((((....)))))))...)))))).))..)))))).......)))))))))))).)))))))))).))))))..))))) (-64.61)