mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGACTTGCCGG GGCAAGTTATTTTCTTTGGCTACA GCTGGTTGTGTAGCCAAGGATGACTTGCCGGCCTGGTTTGTGTTCATCAGCAATCCAGCATATGCTGTATTGCCGTGTGTGATCGATCGATGCATGGACCGGCAAGTTATTTTCTTTGGCTACATTACAACC 0 3 5' arm Oryza_sativa mirbase MIR169_2 1e-69 sbi-MIR169j 0.0000004 -59.5 ...((((((((((((((((((((((((((((((((..(((...(((((((((((.((((....)))).)))))..)).)))).....)))..)).)).)))))))))))...)))))))))))...)))))) (-59.50)