mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGAGCCGTGCCAATATC TATTGGTGCGGTTCAATCAGA GTGGGAACGGGATATTGGTGCGGTTCAATCAGAAAGCTTGTGCTCCGAAGGCGAGGGGCTCCACTCTTTGATTGAGCCGTGCCAATATCACGTCGCCTT 2 0 3' arm Oryza_sativa mirbase MIR171_1 4e-50 zma-MIR171c 7e-33 -51.5 ..((..(((.((((((((..(((((((((((((.((...(.(((((........))))).)..)).)))))))))))))..)))))))).)))..)).. (-51.50)