mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGACTGAAGGGTGCTCCC AGAGAGCTCTCTTCAGTCCACTC TGTGTAAGAAGAGAGCTCTCTTCAGTCCACTCTCAGATGGCTGTAGGGTTTTATTAGCTGCCGAATCATCCATTCACCTACCAAGAAAGTTGCAGGAGTGTATCTCTTGGTAGCGGACTGGATGACGCGGGAGCTAAAATTTAGCTCTGCGCCGTTTGTGGTTGGACTGAAGGGTGCTCCCTTGCTCAAGC 2 3 3' arm Oryza_sativa mirbase MIR159 1e-104 bdi-MIR319b 1e-45 -101.5 ((.(((((..(.((((.((((((((((((..(.((((((((.((((((((...((((((.(((..(((((((.((..(((((((((....((((....))))..)))))))))..)).)))))))..))).)))))).....)))))))))))))))).)..)))))))))))).)))))))))).))... (-101.50)