mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGACTGAAGGGTGCTCCC AGAGCGTCCTTCAGTCCACTC GATGGATGGAAGAGAGCGTCCTTCAGTCCACTCATGGGCGGTGCTAGGGTCGAATTAGCTGCCGACTCATTCACCCACATGCCAAGCAAGAAACGCTTGAGATAGCGAAGCTTAGCAGATGAGTGAATGAAGCGGGAGGTAACGTTCCGATCTCGCGCCGTCTTTGCTTGGACTGAAGGGTGCTCCCTCCTCCTCGA 4 1 3' arm Oryza_sativa mirbase MIR159 1e-107 zma-MIR319b 3e-55 -99.2 ((.(((.(((.(.((((..(((((((((((..((.(((((((((..(((((((((((.((.(((..((((((((.((..(((.((((......((((......))))..)))).)))..)).))))))))..))).)).))..))).)))))).))))))))).))..)))))))))))..))))).)))))))).. (-99.20)