mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAATGTTGATGATGATTATA TGATCTCATCTATTATTCTCT CATCGCCTCAGGTGATCTCATCTATTATTCTCTCGCTTCGTGTTCCCAAAATACCCCTCCCCCGGAACCCGTATCTACGATAAAACCAGATAACATGGATACTACTGAAAACCCTAATTCGGATTCTCCGGTTTTGGATTCTGTAATGGAACCTGAGGACGAGAATGTTGATGATGATTATAATAACAGTG AATCAAAAGCTAATATGAAACTGGGATTGAGATCTTACGAATCCAAAGAAACCCTAAAAATCGAAGCCCCAAATCCATGCACTCTCCTTCAACTCAAAGACATCTCTCTCCCAAACCCTACCCAATTCACCCTCCCCCAATTCGATTCGCCTCTCTCTCAATCGAAAAGACGAGCTCCAATCGGACGGTCACGATTCAATCCACTCCCTCGGCATCGCCTCAGGTGATCTCATCTATTATTCTCTCGCTTCGTGTTCCCAAAATACCCCTCCCCCGGAACCCGTATCTACGATAAAACCAGATAACATGGATACTACTGAAAACCCTAATTCGGATTCTCCGGTTTTGGATTCTGTAATGGAACCTGAGGACGAGAATGTTGATGATGATTATAATAACAGTGATTTTAGTGCGAAATCGTTTTCGGTGCCTGGGTTTTTGAGGAAAGTGTTTGTAGAGGAGTTGGGGAATGATAGCGGACGAGACCATAAGTTGATTGTTACCGCAGTTCACGCTGTTTTTCTCGAGTCGGGGTTTGTGGGGTTTGATCGGGATTCTAATGCGGTGACGAGTGGTTTTTGCTTTCGTGGTGATGCTT 3 2 3' arm Antirrhinum_majus mirnest 100 100 -42.1 .((((((...)))))).(((((...(((((((...(((((.(((((.....(((...(((.(((((....(((((((..................)))))))..(((((........)))))....)))))....)))....)))..))))).)))))..)))))))..)))))................. (-42.1)