mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATGACTTACATTGTGAAATA TTTCGCAATATAAGTTATTCT GTACTAACAGATACTTCCTTCATTTCGCAATATAAGTTATTCTAGCATTTTTCACGTTCATATTGATGTTAATGAATCTAGATAGATGTATATGTCTAGATTCATTAACATCAATACGAATGTGGGAAATGCTAGAATGACTTACATTGTGAAATAGAGAAAGTAGATTAGAATA GCTGGGTACCGGGCCCCCCCTCGAGTTTTTTTTTCTTTTTTTACATGAGCAGTGCAAAACTGCATTTATTTTGCGACGGGGGGAGTATAAATTACAAACTTAGTACTAACAGATACTTCCTTCATTTCGCAATATAAGTTATTCTAGCATTTTTCACGTTCATATTGATGTTAATGAATCTAGATAGATGTATATGTCTAGATTCATTAACATCAATACGAATGTGGGAAATGCTAGAATGACTTACATTGTGAAATAGAGAAAGTAGATTAGAATAGCGGGTCTAAGAAAACAGTTTCTCTCAGATGCATATGGACCAAATAATCCGTGGCGATAATTCAGTGTTCAGATAATTCGCTGTAATTATACTCGCTCGAAACACTCAATATTTCTCAACTACAAGGCAGAGTTTACACTTTCACTTCAACAGCTAGCTCCCTTCGGTGATGTACAATTGAACATCGCCATTTCTTCCTTGCTAATTCATCTCCTCATTGCGTCAATACGCAGATCCGTCTCCCCTCTTCAGCGTCACCAACTTAATTAACACCACGAATCACAAGCAGTAATTCACAAACTTTAATTACTCTGCAAATGCGTATGTTCATATGCTGAATCAGTCACGAGAAGCCGTCCCGGCGATCCTGCTCCTCCGCCTCCTTGTTCGCCGTCTGCACGGCCTTGAACCACAAGAATCCGGAGGTGGGTATCCCGGTGAAGACGAAGAACCCTAGGAGCGGCGCGTACAGGGCGCTGTCGGGGCTCACCACGCCGAACACCGGCCGC 2 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 2e-47 osa-MIR808 4e-51 -84.7 ...((((....(((((.(((.((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((........)))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))).)))))))))).))).)))))..)))).... (-84.7)