mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATGTGGGAAATGCTAGAATG TTTTAGCATTTTCCACATTCA GGCTAACTACATACTTCCTCCATTTCACAATGTAAGTCATTTTAGCATTTTCCACATTCATATTGATGTTAATGAATCTAGATAGATATATATGTCTAGATTCATTAACTTCAATATGAATGTGGGAAATGCTAGAATGACTTAAATTGTGAAATGGAGGGAGTACAGTTTAATA TCTTCTATAGACCTGCACCCCTTTAATATACAATATAATCCTGGATAAAGGCTAACTACATACTTCCTCCATTTCACAATGTAAGTCATTTTAGCATTTTCCACATTCATATTGATGTTAATGAATCTAGATAGATATATATGTCTAGATTCATTAACTTCAATATGAATGTGGGAAATGCTAGAATGACTTAAATTGTGAAATGGAGGGAGTACAGTTTAATAGTGTTAACCATGTACAGCAGCAACAAGCTCATCTCAACACAAAACTATGAACAACACATCTGCCAGTATCTCTCCGTATCATCGCTTTCTGCCTGAAACTGTCTTCTTGACAGCACCAACTGAAACCAAGAACTCATCCAGGGATGACAGGGTCTTCATGTCATCAGGGGGGAAGTAACTCGCCGCCTTGCCCATGAGCGAGGCAAAGAGGAGTGAGAGGCCGGGCGATGCTGGAGATCACTCGGGGAGGAACTCATCTAGGAAAGCAAAGGCAGCCAAGAAGTCGGACCGGTTCGCGTTAATCGGAGCTGCGAAGTGAGCTGGGATTATCCTCCTGAATGGCCACTCTGCAGCGATCCTGTCGACCCAGTCTCTCACCTTCTCTGGAACTTTGCTGAAAACAAGTGTCTTCCCAATTGGGGAGACAATCAACTTCTGAAACAT 0 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 1e-63 osa-MIR808 2e-68 -99.4 ....((((...((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((........))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))).))))..... (-99.4)