mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTCCACAGGCTTTCTTGAACT TTCAAGAAAGTCCTTGGAAAAC GCCATGCTCTCCACAGGCTTTCTTGAACTGTGAACTCGTGTGTGCATGCTCCTCATATATTGTTCTAGATCCCATGCATGATGCATATCGATCGATCTGATCTGAATTAGGTCATCGATGCGCATCTGGATCCCCATCTTGTTGATAGTTCAAGAAAGTCCTTGGAAAACATGGTG 4 0 5' arm Oryza_sativa mirbase MIR396 8e-96 osa-MIR396f 4e-97 -70.2 ((((((...((((..((((((((((((((((.(((..(((((((.........))))))).......(((((.......(((((.(((((((.((((((((....))))))))))))))).))))).)))))........))).))))))))))))))))..))))...)))))). (-70.20)