mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGCTGCCTCAAGCTTGCTGC ACCAAGCATGAGGCAACAACT AGTTATTGCACATGGTGGCACCAAGCATGAGGCAACAACTGCATTACTTGCAAGAAAGGCACAAAATCATTAGATGATTACTTGTGGCTTTCTTGCAAGTTGTGCAGTTGCTGCCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTCTGCCAAAT 3 0 3' arm Oryza_sativa mirbase MIR444 7e-28 osa-MIR444d 2e-77 -80.3 .......(((...((.((((.(((((.(((((((.(((((((((.(((((((((((((.(((((((((((...))))))..))))).))))))))))))).))))))))).))))))).))))).)))).))...)))..... (-80.30)