mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAATTAGTGTATAAACATCCGAT CAGATGTTATGACACTAATTAAAA TGGCCAAAATTTAGTCCCTGTCACATCAGATGTTATGACACTAATTAAAAGTATTAAACATAGACTAATGACAAACCCCATTCCATAACCCTGGATTAATTCGCGAGATGAATCTATTGAGTCTAATTAATCAATGATTAGCCTATGTGATGCTACACTAAACATGTGTTAATTATGGATTAATTAGGCTTAAAAATTTTGTCTCACGAATTAGCTCTCATTTATGCAATTATTAGTTTTGTAAGTAGTTTATGTTTAATATCTAAATTAGTGTATAAACATCCGATGTGATAGGGACTAAAGTTGGATCCA 6 0 3' arm Oryza_sativa mirbase 100 osa-MIR445a 1e-37 -126.72 .((((((..((((((((((((((((((.((((((...(((((((((....(((((((((((((((((...(((((.(..(((.(((((....(..((((((((.((((..((....((((((((((((((((.(((((((((.(((((.............))))).))))))))).))))))))))))))))....))..)))).))))))))..)....))))).))).....).)))))...)))))))))))))))))...)))))))))...)))))).)))))))))))))))))).))))..)). (-126.72)