mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAATTAGTGTATAAACATCCGAT CGAATGTTTGACGCTAATTTGGA TTTTAGTCCGTGTCACATCGAATGTTTGACGCTAATTTGGAGTATTAAACATAGACTAATAAAAAAACTAATTTCATAAATGAAAGCTAATCTGCGAGACGAATTTTTTAAGCCTAATTAATCCATAATTATGAAAAGTTTACTAATCATGGTGTAATTAAACTCAAAAGATTCGTCTTGCGAATTAGTCCAAGGTTATAGAATATGTTTTATAATTAGTGTATGTTTAATATTCTAAATTAGTGTATAAACATCCGATGTGACAGGGACTTAAA 1 1 3' arm Oryza_sativa mirbase 100 osa-MIR445f 2e-131 -114.6 ....(((((.((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((.(.(((((..(((..((((......((((((.(((((((((((((((((.((..((((((..((((.(((((((.....))).)))).))))..))))))..)).))))))))))))))))).))))))......))))..)))..))))).).)))))).))))))))))))))))))))))))).))))))).)))))))))).))))).... (-114.60)