mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCAGCGTCCTCAAGATTCACA AGAATCTTGATGATGCTGCAA ACCTTAAAACAGTCGTTGCTCGCTGTAGCAGCGTCCTCAAGATTCACATCCAGTCTAAAGGCAAAAGCAGCAATTTTTCTTCTTTTTTGCTTGCCTTGGTTTTTGTGAGGGAGAATCTTGATGATGCTGCAACGGCGATTAATGACTAGCTACCAA CGNTATTAATCCTCCTCCGTTTTAAATGAATAAAATTCCTGCTCATGCAACTCTAACCTTAAAACCCTTTGCTACATGCCACGTCACCTTAAAACAGTCGTTGCTCGCTGTAGCAGCGTCCTCAAGATTCACATCCAGTCTAAAGGCAAAAGCAGCAATTTTTCTTCTTTTTTGCTTGCCTTGGTTTTTGTGAGGGAGAATCTTGATGATGCTGCAACGGCGATTAATGACTAGCTACCAACAACAACGTATCACAACATCACCAGAACACATCAGGTGAACACACACACACACACACACTATATTTTCCTTTTTTAAAAAAAAAAAACTTACAAATTGCTGGTGATGTTTTTATTGGAAAAATCTGGGGTTTTTTATTATTCATATTCAGGTCAAAAGAAGCATATTTGCTTAGATATAAAGGTGAGGGAATTTCTGCGCTAAATATTTGTGCATATACTAACAGATTATAGTTTCTGGATGAGCTGTAATATGAATTTCTGTCGAAGCTTGCAGCTCCAAATTCCTATCGTGCAAGGAAGTTGAATCAGAATCTGGTGGGACGATGTCGCTTTAGCACGTTCTCAAGCTTGATGGAGCCACCCAAGAGCATGTTTCCAATTAATAAAACTTGAATGTAACTTTTGTATATGAAGATTAGGGCGGAAAATACGTTCAAAACCCTATTCANTATAACCCCAATTTCCAGAATTGCACTCAGTCTTCCCTTTTGATCATCAAAAAAAGAACAAAATTTGCTTTTATTGGTTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGCGCTTTAAAGATTCCAGTTACGTCCCCGGCTGGCAGGNTTACTTTTTTTTGGTCCCTAAATTCATTAACGGCCGGGGTTAAAACGCGGGAGTGGAAAACC 4 0 5' arm Citrus_sinensis mirnest mir-172 0.00004 csi-MIR172a 1e-35 -59.4 ..........((((((((.(((((((.((((((((.(((((((((...(((((.((((.((((..(((((.((..........)).)))))))))))))...))).))....))))))))).)))))))).))))))).))))))))......... (-59.4)