mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATCAATATGAATATGGGAAATGG ATTTCCCACATTTATATTGATGTT AAATATGTACTTCCTTTGTTTCACAGTGTAAGTCATTATAAAATTTCCCACATTTATATTGATGTTAATGAATCTATATAGATATATATGTCTAGATTTATTAACATCAATATGAATATGGGAAATGGTAGAATAACTTACATTGTGAAACGGAGGGAGTATATAGAACTTGAAC 3 0 3' arm Oryza_sativa mirbase MIR1122 3e-49 osa-MIR809d 2e-50 -88.8 ...((((((((((((((((((((((((((((((.(((.((..((((((((.(((((((((((((((((((((((((.(((........))).))))))))))))))))))))))))).))))))))..)).))).)))))))))))))))))))))))))))))).......... (-88.80)