mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAATGTGAGAAATGTTAGAAT TCTAGCATTTCCCACATTCATA TTGTTCTAAATACTTCCTTTTTCACAATATAAGTCATTCTAGCATTTCCCACATTCATATTGATGTTAATGAATCTAGATTGATGTTACATCAATATGAATGTGAGAAATGTTAGAATGACTTACATTGTGAAACGGAGGGAGTAGTTGCAA 1 0 3' arm Oryza_sativa mirbase MIR1122 9e-43 osa-MIR809d 3e-30 -77.2 .(((......((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((.(((((((((((((((((..((.(((....))).))...))))))))))))))))).))))))))))))))))))).)))))))))..)))))))))...))). (-77.20)