mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAATGTGAGAAATGTTAGAAT TCTAGCATATCCTATATTCATA ATACTCCCTCCATTTCACAATATAAGTCATTCTAGCATATCCTATATTCATATTAATATTAATGAATCTAGATATATATATTTATATAAATTCATTAACATCAAATGAATGTGAGAAATGTTAGAATGACTTACATTGTGAAATGGAGGAAGTAT 2 0 3' arm Oryza_sativa mirbase MIR1122 2e-16 osa-MIR809d 1e-19 -69.6 (((((.(((((((((((((((.((((((((((((((((.((.(((((((((.((.((.(((((((((....(((((......)))))..))))))))).)).))))))))))).)).)))))))))))))))).))))))))))))))).))))) (-69.60)