mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAATGTGAGAAATGTTAGAAT TTTAGCATTTCCCATATTCATA ACTTCCTCCGTTTCACAATGTAAGTCATTTTAGCATTTCCCATATTCATATTGATGCTAATGAATATATATAAATATATATGTCTAGATTCATTAGCATCAATATGAATGTGAGAAATGTTAGAATGACTTACATTGTGAAACGGAGGGAGT 1 0 3' arm Oryza_sativa mirbase MIR1122 1e-32 osa-MIR809d 7e-34 -101.3 (((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((....)))))))....))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))) (-101.30)