mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGACGGATGATTAAAGTTGGACA TTCAACTTAGATCATCTGTCTTAT TAGAACTCCCTCCATCCAAAAATAAGCGTAGCCATAAGTTTTCGTCTTCAACTTAGATCATCTGTCTTATTTGAAACTTTTTTATGATTAGTATTTTTTTATTAGATTGTAAAACATGAATATTACTTTATGCATGACTTATATTATTTTAGATTTTCTAAAAAAAATAAATAAGACGGATGATTAAAGTTGGACACGAAAACTCAGGGCTGCGCTTATTTTGGGAATGAGGGAGTACGGAG 2 0 3' arm Oryza_sativa mirbase MIR812 8e-63 osa-MIR812j 1e-17 -100.4 ..(.((((((((..(((.(((((((((((((((...(((((((((.((((((((.((((((((((((((((((......(((((..(((((((......)))).)))..)))))((((.(((......))).))))..........((((((.....))))))....)))))))))))))))))).)))))))).)))))))))...))))))))))))))).)))..)))))))).).... (-100.40)