mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGACGGATGATTAAAGTTGGACA TCCAACTTTAATTGTTCGTCTTAT AGAGTGCATCCTTGGTCTTGGATAGTACTTCCTTTGTCCCAAAATAAGCGTAGCCATGAGTTTTCTTGTCCAACTTTAATTGTTCGTCTTATTTAATTTTTTTTTGAAAAAACTAAAAAACACAAGTCACGCATAAACTACTATTCATGTTTTATAATCTAATAACAATAAAAATACTAATCATACAAAAATTTCAAATAAGACGGATGATTAAAGTTGGACACGGAAACTCATGGCTGCGTTTATTTTGTGACGGAGAGAGTACTATTGGAAAGATCAGCTAGTTGGAAAATGCCA 2 0 3' arm Oryza_sativa mirbase MIR812 1e-46 osa-MIR812n 9e-38 -116.9 ...(.((((((((((((((.(((((((((..(((((((.((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((..(((((((((((((((((((...(((.................(((.........)))........((((............)))).............)))...)))))))..))))))))))))..)))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))).)))))))..)))))))))...))))))))......)))...)))). (-116.90)