mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACGAACGGTTAAAGTTGGACGCGG GCGCTCAATTTTGATCGTCCGTCT CTCCGTTTCATAATAAGTGCAGCCATGAGTTTCCGCGCTCAATTTTGATCGTCCGTCTTATTTGAAATTTTTTTATAATTAGCATTTTTGTTGTTATGAGATGATAAAACATGAATAGTACTTTACTTGTGACTTATGTTTTTAAATTTTTTCAAAAAATTTTTAATAAGACGAACGGTTAAAGTTGGACGCGGAAAACCATGGCTACACTTATTTTGAGACGGAG 3 0 3' arm Oryza_sativa mirbase MIR812 9e-44 osa-MIR812m 4e-27 -99.5 ((((((((((.((((((((.(((((((..((((((((..(((((((((((((.(((((((((.((((((((((......(((((....)))))....(((((...(((((((((....(((.......)))..)))))))))...)))))...)))))))))).))))))))).)))))))))))))..))))))))..))))))).)))))))).)))))))))) (-99.50)