mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGGTTATGGAATGGGTTTTACC CAAAACCAATTCCATAACCCCT TAAACGTAGATTACTGACAAAACCAATTCCATAACCCCTAGGCTATTTTGCAAGACGAATCTAATGATGTATATTAATCCATGATTAGCGACCAATTACTGTAGCGTCACTATAATAAATCATGGATTAATATACCTCATTAGATTCGTCTCGCAAAATAGCCTAGGGGTTATGGAATGGGTTTTACCACTAATCTATGTTTA 3 0 3' arm Oryza_sativa mirbase 100 100 -119.8 (((((((((((((.((..((((((.((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((((((((((((((.((((.((....)).).))).)))......))))))))))))))))).))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))).))))))..)).))))))))))))) (-119.80)