mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATCCCTTATATTATGGGACGG GTCCTATAATATAAGGGATTTT CCCCGTCCTATAATATAAGGGATTTTGAGTTTTTGCTTGCACTGTTTGACCACTCGTCTTATTTAAATTTTTTTTGGAATTATTATTATTTTTGACTTATTTTATTATCCAAAGTACTTTAAGCATAACTTTTCGTTTTTTATATTTGTACAAATTTTTTGAATAAAACGAGTGGTCAAACAATACAAACAAAAACTTAAAATCCCTTATATTATGGGACGGAGG 0 0 3' arm Oryza_sativa mirbase MIR806 3e-22 osa-MIR818d 0.00000001 -92.01 (((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((...(((((((((((((((.(((((((((.....((((((..((..((............))..))...))))))((((.........(((.....)))..........))))......))))))))).)))))))))))))))...))).))))))))))))))))))))))))))))))))).)) (-92.01)