mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGAGGTTGGTTTATTTTGG AAAATAAACCAACATTGTGA CCAAAATAAACCAACATTGTGATAGAATGTGACACATCATAGTAACGAGTCTGAATACGTAGAATGTCCAGATTCGTTGTATTAGGATGTGTCACAATTTAGTATGAGGTTGGTTTATTTTGG 3 0 3' arm Oryza_sativa mirbase MIR1122 0.000000007 osa-MIR3981 0.00009 -56.9 (((((((((((((((.(..((.((((.(((((((((((.((((((((((((((.(((.......))).)))))))))..))))).))))))))))).)))).))..).))))))))))))))) (-56.90)