mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAATCTTGATGATGCTGCAAC AGCAGCGACCTCAAGATTCAC TTAAAACAGTCATTGCTCGCTGGAGCAGCGACCTCAAGATTCACATCCGGTCTAGAGGCAAAAGCAACAATTTTTCTTCATTTTTGCTTGCCTTGGCTTTTGTCATGGAGAATCTTGATGATGCTGCAACGGGGATTAGTGACTAGCTAC CCACGCGTCCGGTTTGAAATCTCTTTGCGATCTAAATGAAATATCTTTCATGCTCATGCAACTCTAAGCTTAAAATCCTTTGCTACATGCGACGACACCTTAAAACAGTCATTGCTCGCTGGAGCAGCGACCTCAAGATTCACATCCGGTCTAGAGGCAAAAGCAACAATTTTTCTTCATTTTTGCTTGCCTTGGCTTTTGTCATGGAGAATCTTGATGATGCTGCAACGGGGATTAGTGACTAGCTACCAACAACGACGTATCACAACATCACCACAACACATCACGTGAACACACACGCACACACACACTATATGTTCCTTTGTTAAAAAAAAAAAACTCACCAACTGCTGCTGATGATTATATTGGAAAAATCTGGCGTTTTTTATTATTCATATTCGGGACTAAAAAAGCATACTTGCTTAAATATAAACGCGACGGAATTTCTCGCGCTACATATTGGCGCGTATACTAACAAATTATAGTCTCTGGATGAGCTGAAATAAGAAATGCTGACAAATGTTGCTGCTCCTAATTCCTATCGTGCAATGAAGTTGAATCGTAATCTGGAGGGACGATGTAACATTATGACCTTCTCAAGCTTGATGGAGCAACCCTAGATCACGTTTCCAGATAATTACACTCTGAATGCCACGGTGGTATATGAAGATCATGGGTGAATCAGGATTCAAAGACATATTCTGTACAAGCCCAATTTCCAGATAGTGCTACTCAACATGCTNGTGAATCATCATCAAGAAGACAGCAGATAGCTCTATATCGTTTCTGAAGAAAAAAAGAAAGAATCGGCGCCGTTCTATAGATCGAACGTACGACGCTTCATGCTAGCTATAAGTATTTATAGTGTCCCATAATCATT 5 0 3' arm Citrus_sinensis mirnest 100 csi-MIR172a 2e-55 -48.2 .......((((((((.((.(((..((((((...(((((((((...((((...(((((((..((((((.(((........))).))))))......)))))))...)))))))))))))...))))))..))).)).))))))))...... (-48.2)