mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGATTGCTTTCAAGGTCATTTCTT GAAATGATCTTGGATGCAATCTAG TCTGTTATCGGTACCAATATCCTAGATTGCTTTCAAGGTCATTTCTTTATGGAAGCCCATTCCCATAAATTCAGTATCCAAAGATGGTTGTTGTATCTAAATAGGGGTTCCATAACGAAATGATCTTGGATGCAATCTAGGAGTTTGCTGATGATAACG 2 0 5' arm Oryza_sativa mirbase 100 osa-MIR1882d 2e-58 -67.8 ..(((((((((((......(((((((((((.((((((((((((((.((((((((.(((.............(((((.(((....))).)))))..........))).)))))))).)))))))))))))).)))))))))))...)))))))))))... (-67.80)