mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGATTGCTTTCAAGGTCATTTCTT GAAATGATCTTGGACGCAATCTAG TGTTATCGTTACCAATATCCTAGATTGCTTTCAAGGTCATTTCTTTAGGAAACCCCATTCCCATAAATTCAGTATCCAAAGATGGTTGTTGTATCTATGGGAATAAGGGTTCCCTAACGAAATGATCTTGGACGCAATCTAGGAGTTTGCTGATAATAAC 2 0 5' arm Oryza_sativa mirbase 100 osa-MIR1317 3e-70 -75.5 .(((((..(((.(((..(((((((((((.((((((((((((((.(((((.(((((.(((((((((.((.(((((.(((....))).))))).)).)))))))))..))))).))))).)))))))))))))).)))))))))))..))).)))..))))) (-75.50)