mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGATTGCTTTCAAGGTCATTTCTT GAAATGATCTTGGATGCAATCTTG TGTTATCGTTACCAATATCCTAGATTGCTTTCAAGGTCATTTCTTTAGGGAACCCCATTCCCATAAATTCAGTATCCAAAGCTGGTTGCTGTATCTATGGGAATAAGGGTTCCTAACGAAATGATCTTGGATGCAATCTTGGATTTTGCGGACGATAACG 2 0 5' arm Oryza_sativa mirbase 100 osa-MIR1317 1e-66 -84.9 .(((((((((..(((.((((.(((((((.((((((((((((((.(((((.(((((.(((((((((.((.(((((.(((....))).))))).)).)))))))))..)))))))))).)))))))))))))).))))))).)))).)))..))))))))). (-84.90)