mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCCCGATGCCTCCTATTCCTA GGAATAGGAACATGGAGGAAAG TGGGAATAGGAACATGGAGGAAAGCCTAAAGCTAAATTTTCTGCTCCAGTATTGGAGCTAGAGATTTGCTCAGTTTTCCCGATGCCTCCTATTCCTA 2 2 3' arm Oryza_sativa mirbase MIR2118 6e-49 osa-MIR2118q 2e-30 -44.3 (((((((((((.(((.(.(((((((....(((.(((((((..(((((......)))))..))))))))))..)))))))).)))..))))))))))) (-44.30)