mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCCTGATGCCTCCCATTCCTA GGAATGGGAACATGAAGGAAAG GGTGAGCCAGGAAGAGGATAGAGACTCTAAGAGCAGTAGGAATGGGAACATGAAGGAAAGCCAAACCAAGCTCTAACTCCTGGAGTTGGAGATTTGGTATAACGATTTTCCTGATGCCTCCCATTCCTACAGTTCTTAGGTCCTTGTTCCTCTTACTTTCGGCTAACACC 2 2 3' arm Oryza_sativa mirbase MIR2118 4e-88 osa-MIR2118j 6e-56 -83.1 ((((((((((((((((((.((.(((.((((((((.((((((((((((.(((..((((((((...(((((((((((((((...))))))))).)))))).....).))))))).)))..)))))))))))).)))))))))))))...))))))).)))..))))..)))) (-83.10)