mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCCCGATGCCTCCCATGCCTA GGCATGGGAACATGGAGGAAAG GTGGGTCAGGAAGAGGAAGAAAAGAGTACCTAAGAGTAGTGGGCATGGGAACATGGAGGAAAGTTCAAACTCTTCTTCCCCTCTAAATTAGGGGGGTCGACTTGTTTTGATGTTTTCCCGATGCCTCCCATGCCTATTGTCCTTAGGTGCTCCTTCCTCTTCCCTTTGGCACAC 2 2 3' arm Oryza_sativa mirbase MIR2118 5e-66 osa-MIR2118d 3e-27 -93.3 (((.(((((((((((((((....(((((((((((..((((((((((((((.(((.(.(((((..((((((...((..((((((((...))))))))..))...).)))))...)))))).)))..))))))))))))))..))))))))))))))))))))))...)))).))) (-93.30)