mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTCAAAAATAACCTTTTGTTC ACAAAATGGTAATTTTTTAAA TTTCAAAAATAACCTTTTGTTCAGCGCAAAATCGTATAGCGCTGAACTTAGACACCTCAGCGCCACGTCAACTGGCGCTGAATGTCGTGCCACCGTGAATAGGAGGCTGAGTCAGCGTGCCAATGTACATTCAGCGTCGTGCTATTTAGCGCTGAGGTGTCTAAGTTTAGTGCCATATGATTTGGCGCTGAACAAAATGGTAATTTTTTAAA 5 1 5' arm Oryza_sativa mirbase 100 100 -113.56 ....((((((.((((((((((((((((.(((((((((.(((((((((((((((((((((((((.......((.((((((((((((((.(((.((.......)).))))))....((((....)))).)))))))))))))........))))))))))))))))))))))))).))))))))).))))))))))))).))).)))))).... (-113.56)