mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTTTAAATGTGTGTCCGTATATT TGTTTGGACACATGCATGAAGCAT ATGTTTGGACACATGCATGAAGCATTAAATGTGAAAAAATAAACCAATTGCACAGATTGCATGTAAATCGCGAGACGAATCTTTTGAGCCTAATTATACCATGATTTGACAATGTGGTGCTACAGTAAATATTTGCTAATGACGGATTAATTAGGCTTAATAAATTTGTCTCGCAGTTTACAGGCGGAATCTGTAATTTGTTTTGTTATTAGTCTACGTTTAATACTTTAAATGTGTGTCCGTATATTT 5 0 3' arm Oryza_sativa mirbase 100 osa-MIR2124e 1e-85 -86.7 ((((.((((((((((..(((((.(((((((((((...((((((.(((.(..(((((((((.(((((((.(((((((((((...(((((((((((((..((.(.(((.(..(((((..(((....))).)))))..).))).).))..)))))))))))))...))))))))))).))))))).))..))))))).).))).)))))).....)).))))))))).)))))..)))))))))).)))).. (-86.70)