mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTTTAAATGTGTGTCCGTATATT TGTTTGGACACATGCATGGAGTAT GTCAAATCAAATGTTTGGACACATGCATGGAGTATTAAATATAATAAAAATAACTAATTACACAGATTGTGTGTAAATTACGAGATGAATCTTTTAAGCCTAATTGCTTCTTGATTTGACAATGTGGTGCTACAATGTGGTGCTACAGTAAACATATGCTAACGAGGGATTAATTAGGCTTAATAAATTTGTCTCGCGGTTTACAAGTGGAATCTGTAATTTGTTTTATTACTAGTCTATGTTTAATACTTTAAATGTGTGTCCGTATATTCGAT 3 0 3' arm Oryza_sativa mirbase 100 osa-MIR2124e 2e-60 -92.59 .....(((.(((((.((((((((((..((((((((((((((((.((..(((((........(((((((.(.(((((((..(((((..(((...(((((((((((((.((((((.........(((((..((((...))))..)))))(((......)))...))))))..)))))))))))))...)))..)))))..)))))))...).)))))))........)))))..))...))))))))))))))))..)))))))))).))))).))) (-92.59)