mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCAACAGCTTAGATTCGTCC ACGAATCTCAGCCGTTGGATT GTGAATCTCGACCCTCCAAAACAAATCCAACAGCTTAGATTCGTCCACGTCATCATGAGTAAAAATTTTATTCCCAGTAAAACTTTTACTCCAGGAATTTTACTCCTAGTAAAATTTTTACTCCTGAGTAAATCTGCGAGTAAAATTTTTACTCGTGATGACGTGGACGAATCTCAGCCGTTGGATTTGTTTTGGAGGGCCAAGATTCACCCTATGTCACC 2 0 5' arm Oryza_sativa mirbase MIR811 1e-113 osa-MIR811a 8e-16 -128.3 ((((((((.(.((((((((((((((((((((.(((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((.......(((((((.(((((((((((.....)))))))......))))))))))).))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))).)))))))))))))))))))).).))))))))........... (-128.30)