mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAATCTTGATGATGCGGCAA GCAGCGACGTCAAGATTCACA TGCTCGCTGTAGCAGCGACGTCAAGATTCACATCCAGTCTAAAGGCAAAAGCAGCAATTTTTCTTCAGTTTGGCTTGCCTGGGTTTTTGTCAGTGAGAATCTTGATGATGCGGCAACGGCGATG AAAAAANNCCAATGGTAGCCTGCAGTACCGGTCCGGAATCCTTCGACAGGGGAGTGTCCGCTAAAAACTTCCACAAAAAGGGGTGAAANATCTNNCATGCTCATGCAACTCTAACCTTAAAATTTTTTCCTACAGAAAGGTTACCTTAAAACAGGCGTTGCTCGCTGTAGCAGCGACGTCAAGATTCACATCCAGTCTAAAGGCAAAAGCAGCAATTTTTCTTCAGTTTGGCTTGCCTGGGTTTTTGTCAGTGAGAATCTTGATGATGCGGCAACGGCGATGAATGACTAGCTACCAACAACAACGCATGACAACATCACCAGAACACATGAGGTGAACACACACACACACACACACTATATTTTCGTTTTTTAAAAAAAAAAAACTTACGAAGGGGTGGTGATGCTTTTATTGGAAAAAGCTGGGGATGTTTATTATTCATAGTCAGGGCAAAAGAAGCATATTTGCTTAGATATAAAGGTGAGGGAATTTCTGCGCTAAATATTTGTGCATATACTAACAGATGATAGTTTCTGGATGAGGTGCAATATGAATTTCTGTCGAAGCTTGCAGCTCCAAATTCCTATCGTGCAAGGAAGTGGAATCAGAATCTGGTGGGACGATGTCGCATTAGGACGGTCTCAAGCTTGATGGAGCAACCCAAGAGCATGGTTCCAATTAATTAAACTTGAATGAAACTGTTGTATAAGAAGATTAGGGGGGAAAAAGGGTTAAAAACCATAGTCAGTAAAAGCCCAAATTTCAGATATTGGACTCAGGCTTCCTTTTGGATCAAACAAAAAGAAGAACAAAAAATGGGTTTTATCGGTTAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAGGGGGGCGGTCTAAAGGATCAAGGCTACGAAGGGGGGATGGGAGGCAAAGGTTTCCAAAAGGCACCAAAAAAACAA 4 0 3' arm Citrus_sinensis mirnest 100 csi-MIR172b 3e-66 -44.1 ...(((((((.((.(((.(((((((((((.(((.(((.((..(((((..(((...((((.......))))..)))))))).))...)))...))).))))))))))).))).)).))))))).. (-44.1)