mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGCACTGCCTCTTCCCTGGC CAGGGATGAGGCAGAGCATGG AGAAGATGGGTATGGTTGGAGACAGGGATGAGGCAGAGCATGGGATGAGGCCATCAACAAAATTTCCAATTTCTGTCCTCCGCTAGGCCGCTACTGCATTTCTGTTTGCTTGCTCACAAAACGGAGGGATTTGTGAGAGTTATCAGGCAGAAAGAACAAAGAAGGTGCCTCCCTGGTGAAGTGGTGATGGCCTGACCTGAGACGGCTGAGAGCTCAGCTGGTGTCCTGTTGTTGCTTCCTCCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCCCCACCGTTGCCCTTGC 4 0 3' arm Saccharum_officinarum mirbase MIR408 0.00000000000008 sof-MIR408c 2e-149 -122.5 .......(((((((((.((((.((((((.(((((((.(((.((((.(((((...(((((..................(((.(.(((((((.(((..(.((((((((((....((((((((.(.....).))))))))......)))))))))).............(((.....)))...)..))).))))))).)..))).(((((((....)))))))......)))))..))))).)))).))).))))))).)))))).))))..)))).))))).... (-122.50)