mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTG AAGCTCCTATCATTCCAATGA AGCGAAGCTCCTATCATTCCAATGAAGGGCCCTTTTCATGGGTGGTTCCGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTATCCTATCTCATCATGTATGTGTGTATGTACTCTAGAGGGCCCGAGAAGAGATTCATGTGGTCGTCAGTCTTTGAGATAGGCTTGTGGTTTGCATGACCGAGGAGCTGCACCGTCCCCTTGCTGGCCGCTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCA 4 0 3' arm Sorghum_bicolor mirbase MIR159 2e-125 ssp-MIR159a 4e-67 -96.9 .(((.(((((((.(((.(((((.((..((((.....((.(((((((.(.(((.((((.(((((....((((...(((((((((....((((((....))))))....((.((((((.(((....))).)).)))).))......)))))))))...))))....))))).)))).))).).)))).)))..))..))))..)).))))).))).))))))).))). (-96.90)