mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCC AATGTTGTCTGGCTCGAGG AGGGTTAATTGGGAAGCTTTTTCTTTTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGAGGCCACTAACTAGATCTTTGATTTAATCTCAGTTGATCATATATTTGTTTCATTTTTCTTCCATAAAATTTAATTATATTGAGATACCCATCATTGATCTTAAGATAATTAAGTTAGTGACGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATAATTGCTTCTATCTGCTATGATA AAACGAAATAAATAATTGAGTGATAGGATTGAGAGAGTGAGAGCTGGGAGTCCGAAGAAGGTAGGGTCAGGGGGGTCCTGACACTTTTATTAATTTGTTTGTCGTCTTTTATTACCTCCACCTCCCCCTGGCCTTCTCCTCAGCCTTCTTTTTATCTCTTGATTTCATTTCATTTCTCGCACAAACACAAACCCTCATCTCAAGAATGAAAAACTTCTCTCTTTCTCTCTCTTTATATATGTGTGTGGTTTGTCTGAAGGATCTAGGGTTAATTGGGAAGCTTTTTCTTTTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGAGGCCACTAACTAGATCTTTGATTTAATCTCAGTTGATCATATATTTGTTTCATTTTTCTTCCATAAAATTTAATTATATTGAGATACCCATCATTGATCTTAAGATAATTAAGTTAGTGACGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATAATTGCTTCTATCTGCTATGATATCATCTTCATTTCTTGGAGGTGCTGTGATCAGTTCTCAAACTTTAGTTGATTTTTTCACAATTTTTCTTTTTGTTTAATTTATTGATCTTGTGTTGTGTATATTTGTATGGTCAACGGAGAGATCTTGGTCATTGGCCATGAGCAGATTGGTGTAATGATGAAAGATTTTGACTGCTTTTAACTCTTTTTCTGACTG 3 0 3' arm Citrus_sinensis mirnest mir-166 0.0000000000002 ctr-MIR166 8e-124 -59.3 ..(((......((((((..((....(((.((((((((..((((((.((((...((((((((.((((.((((.......))))..))))....((((...................)))).(((((((.(((((((...........))))))).)))))))))))))))...)))).))))))..)))))))).))).))..))))))....)))...... (-59.3)