mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCC GAATGTTGTCTGGCTCGGGG AGGGGAATGTTGTCTGGCTCGGGGGCGCCGCCGCTCCGCTCCGCTCCTTCCTTCTCTGGTCTCTCTCTCTCCCCTAGTCTTCGCGCGCTTCCTCAATCTCCATCGTCTCTTCCTCCTTCTCTTGGAGACCAGCAGGAGGACGGAGGCGGGTGGTGTAGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCA 4 0 3' arm Sorghum_bicolor mirbase mir-166 9e-28 zma-MIR166a 7e-16 -80.89 .((((((((..((((((..((((..(..((((((.((((....((((.((((((((((((((((...........................................................))))))))).))))))).))))))))))))))..)..))))..))))))..))))))))... (-80.89)