mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGATGACTTGCCTG GGCAGTCTCCTTGGCTAGTC GCGATAAGAGTCTGCCCAGATAGCCAAGGATGACTTGCCTGTGGCCTCTTGGCTTGGCTTGAGAGCTTATTAACTCTGTGCACGTTTAATTTGCTCTTCTTGTGGCCTCGATCACAGGCAGTCTCCTTGGCTAGTCCGGGCGGCTCTTATCT 0 3 5' arm Sorghum_bicolor mirbase MIR169_5 6e-81 zma-MIR169j 1e-29 -79.5 ..((((((((.((((((.((((((((((((.((((.((((((((((....)))..((((.((((((..(((((...((....)).)))))..)))))).....)))).....)))))))))))))))))))).))).)))))))))))))). (-79.50)