mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGAGCCGTGCCAATATC TGTTGGCATGGTTCAATCAAA TTGGTTGGCTGAGAGAGTGCGATGTTGGCATGGTTCAATCAAATCATCGCCCGGCAAGGTGACTTAAATTTTGCGCTTTCGATCGATCGAGGTGCAGGGAGGTGTTTCCAGGCACCGTGTTTGATTGAGCCGTGCCAATATCACAACCTTCTCTAGCCTAT 0 0 3' arm Sorghum_bicolor mirbase MIR171_1 9e-77 zma-MIR171f 1e-16 -77.5 ......(((((((((..((.((((((((((((((((((((((((.....(((...(((....)))......(((((((.(((....))))))))))))).((((((....))))))..)))))))))))))))))))))))).))...))))).))))... (-77.50)