mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGAGCCGTGCCAATATC TATTGGCGCGGTTCAATTCGA ATGGCCGCCGCGCGCGACGGGGTATTGGCGCGGTTCAATTCGAGAGCTCGAGCCCTAGACTAGACGCCAGGGAGAGAGGGGGCTCTGCTCTCTGATTGAGCCGTGCCAATATCACGTCCCGCTTGAATGGCT 1 0 3' arm Sorghum_bicolor mirbase MIR171_1 1e-59 zma-MIR171j 3e-29 -76.4 ..(((((.((.(((.((((.((((((((((((((((((((.((((((..(((((((...((...(.....)...))..))))))).)))))).)))))))))))))))))))).)))).))).))..))))) (-76.40)