mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAGGTGAGCCGAGCCAATATC TATTGACTTGGCTCATCTCTC AGAACGAGACGACATGGCATGGTATTGACTTGGCTCATCTCTCATCCACAGCAAACTTCACAAGTGCCTGAGGTGAGCCGAGCCAATATCACTTCATGTCATCTAGCGT 1 0 3' arm Sorghum_bicolor mirbase MIR171_2 4e-56 zma-MIR171g 1e-31 -45.54 ...((((((.(((((((..((((((((.(((((((((((((.....(((..............)))...))))))))))))).))))))))..))))))).)))..))) (-45.54)